La Fundación que lleva el nombre del creador de Marimurtra fue creada en Blanes mediante escritura notarial en 1951. Faust estableció un patronato al que encargó la responsabilidad del mantenimiento de su jardín botánico y la continuidad de su labor científica. Siguiendo su concepción internacionalista, entre los primeros patrones se encontraban ciudadanos alemanes, españoles, suizos y británicos. Uno de ellos era el insigne botánico catalán Pius Font i Quer, amigo y principal asesor de Faust.
La Fundación está asociada a la Institució Catalana d’Història Natural y a la Sociedad Española de Biología de Conservación de Plantas.
En 2009 fue distinguida con la Creu de Sant Jordi de la Generalitat de Cataluña.
Los objetivos concretos de la Fundación Carl Faust, según sus estatutos, son:
La Fundación está dirigida por un patronato formado por personas de diferentes profesiones y organizado en comisiones de trabajo. Cuenta también con un comité ejecutivo que permite una ágil toma de decisiones y una gerencia.
El Patronato –consciente de las singularidades de los tiempos actuales en que se constata un proceso acelerado de desaparición de especies vegetales a causa de factores antrópicos y conocedor de la importancia de los jardines botánicos en su gestión y conservación– se propone que Marimurtra se convierta en un centro dedicado a la conservación y la investigación científica, sobre todo en el ámbito del Mediterráneo occidental, procurando fomentar la conciencia cívica en torno a la urgencia de preservar la capa verde de la Tierra. Además, tiene la voluntad de que sea un espacio abierto a personas e instituciones del país de cara a la realización de actividades sociales o culturales.